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安装miniconda软件管理器并安装qiime2

在安装QIIME2之前，我们需要先安装miniconda软件管理器。miniconda能够帮助我们管理python软件包的依赖关系，对于安装QIIME2尤为重要。

安装miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.ाभ Wikia要注意：以下步骤需要在终端中输入。请确保你现在有一个终端打开并正在使用根权限（可默认使用普通用户权限完成安装）。

chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

4. 执行安装脚本并按提示操作：

./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 按回车键继续，默认使用默认安装目录。
• 输入yes以同意许可协议。
  -如需指定安装目录，可输入路径并回车。这将是你的miniconda根目录。

安装完成后，请关闭当前终端并重新打开一个新终端以使环境生效。

升级conda

这个步骤非常重要因为它确保你拥有最新版本的conda，同时也保证系统的稳定性。使用以下命令升级conda：

conda update conda

安装qiime2

接下来，我们开始安装qiime2-2017.7版本。这个版本可能需要较长时间下载和安装依赖项，但完成后你将拥有一个功能完整的环境。使用以下命令创建一个新的conda环境：

conda create -n qiime2-2017.7 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.7-conda-linux-64.txt

注意：如果你需要其他qiime2版本的安装方法，或者看到素体链接已过时，请参考qiime2官方文档获取最新安装指南。

激活与关闭工作环境

在使用完成后，请激活qiime2-2017.7环境以确保所有安装软件都生效：

source activate qiime2-2017.7

当完成所有任务后，记得关闭工作环境以避免与其他程序冲突：

source deactivate

在终端中按Tab键可以在命令行之间切换，Ctrl+c则用以终止当前命令。

安装完成后，可以运行qiime --help查看安装情况以确认一切正常。希望本文能够帮助你顺利安装并使用qiime2！