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InnoDB的数据存储结构中，主键索引的作用与其物理存储方式密切相关。默认情况下，InnoDB会为表创建聚簇索引，而主键索引通常是聚簇索引的主要组成部分。这样一来，全表扫描实际上是通过主键索引来执行的。

如果表没有为任何列定义主键，InnoDB会优先为唯一索引或隐藏列创建聚簇索引。这种情况下，虽然没有显式的主键，但仍然存在一种隐式的聚簇索引，这对查询效率有一定的帮助。

接下来让我们分析一个具体的例子。假设我们有一个名为employees2的表，表结构如下：

CREATE TABLE `employees2` (
    `id` INT (11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
    `name` VARCHAR (24) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '姓名',
    `age` INT (11) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '年龄',
    `position` VARCHAR (20) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '职位',
    `hire_time` TIMESTAMP NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP COMMENT '入职时间',
    PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE = InNODB AUTO_INCREMENT = 1 DEFAULT CHARSET = utf8 COMMENT = '员工记录表';

我们需要比较以下两个查询的效率：

通过使用EXPLAIN命令可以分析查询执行计划。结果如下：

• 对于SELECT id FROM employees2;，查询执行计划显示使用了主键索引，具体表现为通过聚簇索引快速定位到记录。
• 对于SELECT age FROM employees2;，查询执行计划显示是进行了全表扫描，所有记录都被访问。

这表面上看起来两种查询的效率似乎不一致，但实际上原因在于InnoDB的聚簇索引结构特点。聚簇索引的叶子节点不仅包含主键值，还包含其他所有列的值。虽然主键索引能够快速定位到记录，但当需要访问其他列时，额外的数据读取操作会增加一定的开销。

可以用一个简单的比喻来理解：聚簇索引就像一个家，主键值相当于门牌号，其他列的值就像家里其他房间的信息。在查询时，系统首先通过门牌号找到门户，然后才进入具体的房间查看其他列的信息。

这种设计虽然提高了查询效率，但也带来了额外的开销。因此，在实际应用中，选择合适的索引策略对于查询性能至关重要。