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1、TensorFlow读取机制图解
我们必须要把数据先读入后才能进行计算,假设读入用时0.1s,计算用时0.9s,那么就意味着每过1s,GPU都会有0.1s无事可做,这就大大降低了运算的效率。解决这个问题方法就是将读入数据和计算分别放在两个线程中,将数据读入内存的一个队列,如下图所示:
读取线程源源不断地将文件系统中的图片读入到一个内存的队列中,而负责计算的是另一个线程,计算需要数据时,直接从内存队列中取就可以了。这样就可以解决GPU因为IO而空闲的问题!在tensorflow中,为了方便管理,在内存队列前又添加了一层所谓的“文件名队列”。tensorflow使用文件名队列+内存队列双队列的形式读入文件,可以很好地管理epoch。下面我们用图片的形式来说明这个机制的运行方式:
2、相关函数简介
(1)三个机制:
Queue是TF队列和缓存机制的实现,它本质上是一个队列; QueueRunner是TF中对操作Queue的线程的封装,它本质上是一个线程; Coordinator是TF中用来协调线程运行的工具,保存线程组的运行状态;
(2)读取步骤
步骤:
1)获取文件名列表list 2)创建文件名队列,调用tf.train.string_input_producer(),参数包含:文件名列表,num_epochs【定义重复次数】,shuffle【定义是否打乱文件的顺序】 3)定义对应文件的阅读器:tf.ReaderBase、tf.TFRecordReader 、tf.TextLineReader 、tf.WholeFileReader 、tf.IdentityReader 、tf.FixedLengthRecordReader。 4)解析器 : tf.decode_csv 、tf.decode_raw 、 tf.image.decode_image 。 5)预处理,对原始数据进行处理,以适应network输入所需 6)生成batch,调用tf.train.batch() 或者 tf.train.shuffle_batch() 7)prefetch【可选】使用预加载队列slim.prefetch_queue.prefetch_queue() 8)启动填充队列的线程,调用tf.train.start_queue_runners(3)tf.train.string_input_producer():生成文件名队列
这个函数需要传入一个文件名list,系统会自动将它转为一个文件名队列。tf.train.string_input_producer还有两个重要的参数,一个是num_epochs,表示epoch数。另外一个就是shuffle是指在一个epoch内文件的顺序是否被打乱。在tensorflow中,内存队列不需要我们自己建立,我们只需要使用reader对象从文件名队列中读取数据就可以了。
在我们使用tf.train.string_input_producer创建文件名队列后,整个系统其实还是处于“停滞状态”的,也就是说,我们文件名并没有真正被加入到队列中,此时如果我们开始计算,因为内存队列中什么也没有,计算单元就会一直等待,导致整个系统被阻塞。使用tf.train.start_queue_runners之后,才会启动填充队列的线程,这时系统就不再“停滞”。此后计算单元就可以拿到数据并进行计算,整个程序也就跑起来了。import tensorflow as tf with tf.Session() as sess: filename = ['A.jpg', 'B.jpg', 'C.jpg'] filename_queue = tf.train.string_input_producer(filename, shuffle=False, num_epochs=5) reader = tf.WholeFileReader() key, value = reader.read(filename_queue) tf.local_variables_initializer().run() threads = tf.train.start_queue_runners(sess=sess) i = 0 while True: i += 1 # 获取图片数据并保存 image_data = sess.run(value) with open('read/test_%d.jpg' % i, 'wb') as f: f.write(image_data)
(4) Queue
tf.FIFOQueue: 按入列顺序出列的队列
tf.RandomShuffleQueue: 随机顺序出列的队列 tf.PaddingFIFOQueue: 以固定长度批量出列的队列 tf.PriorityQueue: 带优先级出列的队列 函数原型:tf.FIFOQueue(capacity, dtypes, shapes=None, names=None ...) Queue主要包含入列(enqueue)和出列(dequeue)两个操作。enqueue操作返回计算图中的一个Operation节点,dequeue操作返回一个Tensor值。Tensor在创建时同样只是一个定义(或称为“声明”),需要放在Session中运行才能获得真正的数值。import tensorflow as tftf.InteractiveSession()q = tf.FIFOQueue(2, "float")init = q.enqueue_many(([0,0],))x = q.dequeue()y = x+1q_inc = q.enqueue([y])init.run()q_inc.run()q_inc.run()q_inc.run()x.eval() # 返回1x.eval() # 返回2x.eval() # 卡住
(5) QueueRunner
Tensorflow的计算主要在使用CPU/GPU和内存,而数据读取涉及磁盘操作,速度远低于前者操作。因此通常会使用多个线程读取数据,然后使用一个线程消费数据,QueueRunner就是来管理这些读写队列的线程。
import tensorflow as tf import sys q = tf.FIFOQueue(10, "float") counter = tf.Variable(0.0) #计数器# 给计数器加一increment_op = tf.assign_add(counter, 1.0)# 将计数器加入队列enqueue_op = q.enqueue(counter)# 创建QueueRunner,用多个线程向队列添加数据# 这里实际创建了4个线程,两个增加计数,两个执行入队qr = tf.train.QueueRunner(q, enqueue_ops=[increment_op, enqueue_op] * 2)# 主线程sess = tf.InteractiveSession()tf.global_variables_initializer().run()# 启动入队线程qr.create_threads(sess, start=True)for i in range(20): print (sess.run(q.dequeue()))
增加计数的进程会不停的后台运行,执行入队的进程会先执行10次(因为队列长度只有10),然后主线程开始消费数据,当一部分数据消费被后,入队的进程又会开始执行。最终主线程消费完20个数据后停止,但其他线程继续运行,程序不会结束。
(6)Coordinator
用来保存线程组运行状态的协调器对象
import tensorflow as tfimport threading, time# 子线程函数def loop(coord, id): t = 0 while not coord.should_stop(): print(id) time.sleep(1) t += 1 # 只有1号线程调用request_stop方法 if (t >= 2 and id == 1): coord.request_stop()# 主线程coord = tf.train.Coordinator()# 使用Python API创建10个线程threads = [threading.Thread(target=loop, args=(coord, i)) for i in range(10)]# 启动所有线程,并等待线程结束for t in threads: t.start()#join操作经常用在线程当中,其作用是等待某线程结束,其他所有线程关闭之后,这一函数才能返回coord.join(threads)
所有的子线程执行完两个周期后都会停止,主线程会等待所有子线程都停止后结束,从而使整个程序结束。由此可见,只要有任何一个线程调用了Coordinator的request_stop()方法,所有的线程都可以通过should_stop()方法感知并停止当前线程。
3、两种使用多线程的方式
(1)第一种,显式的创建QueueRunner,然后调用它的create_threads方法启动线程。例如下面这段代码:
import tensorflow as tf# 1000个4维输入向量,每个数取值为1-10之间的随机数data = 10 * np.random.randn(1000, 4) + 1# 1000个随机的目标值,值为0或1target = np.random.randint(0, 2, size=1000)# 创建Queue,队列中每一项包含一个输入数据和相应的目标值queue = tf.FIFOQueue(capacity=50, dtypes=[tf.float32, tf.int32], shapes=[[4], []])# 批量入列数据(这是一个Operation)enqueue_op = queue.enqueue_many([data, target])# 出列数据(这是一个Tensor定义)data_sample, label_sample = queue.dequeue()# 创建包含4个线程的QueueRunnerqr = tf.train.QueueRunner(queue, [enqueue_op] * 4)with tf.Session() as sess: # 创建Coordinator coord = tf.train.Coordinator() # 启动QueueRunner管理的线程 enqueue_threads = qr.create_threads(sess, coord=coord, start=True) # 主线程,消费100个数据 for step in range(100): if coord.should_stop(): break data_batch, label_batch = sess.run([data_sample, label_sample]) # 主线程计算完成,停止所有采集数据的进程 coord.request_stop() coord.join(enqueue_threads)
(2)第二种,使用全局的start_queue_runners方法启动线程。
在这个例子中,tf.train.string_input_produecer()将一个隐含的QueueRunner添加到全局图中,类似的操作还有tf.train.shuffle_batch()等)。由于没有显式地返回QueueRunner来用create_threads启动线程,这里用tf.train.start_queue_runners()方法直接启动tf.GraphKeys.QUEUE_RUNNERS集合中的所有队列线程。import tensorflow as tf# 同时打开多个文件,显示创建Queue,同时隐含了QueueRunner的创建filename_queue = tf.train.string_input_producer(["data1.csv","data2.csv"])reader = tf.TextLineReader(skip_header_lines=1)# Tensorflow的Reader对象可以直接接受一个Queue作为输入key, value = reader.read(filename_queue)with tf.Session() as sess: coord = tf.train.Coordinator() # 启动计算图中所有的队列线程 threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord) # 主线程,消费100个数据 for _ in range(100): features, labels = sess.run([data_batch, label_batch]) # 主线程计算完成,停止所有采集数据的进程 coord.request_stop() coord.join(threads)
参考:
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