**生信自学记录1——获取Fastq格式的反向互补序列**
发布日期:2022-02-27 02:37:52
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分类:技术文章
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` 生信自学记录1——获取Fastq格式的反向互补序列
总共分为三步
1.读取基因序列的str格式,返回反向互补序列str 2.打开fastq格式的文本提取基因序列,返回互补序列list 3.读取互补序列的list替换原基因序列,返回反向互补后的fastq格式的文本具体代码如下:
1.读取基因序列的str格式,返回反向互补序列strdef to_reverse(str):#获得目的序列的反向互补序列 str1=list(str) str1.reverse() str2='' for i in str1: if i in ['A','a']: str2+='T' elif i in ['T','t']: str2+='A' elif i in ['c',"C"]: str2+='G' elif i in ['G','g']: str2+="C" elif i in ['U','u']: str2+='A' else: print('please check your gene_sequence') return str2
2.打开fastq格式的文本提取基因序列,返回互补序列list
def get_geneSeq(fq):#获取目的fasta文件的目的序列,并得到目的序列的反向互补序列 list_reverse=[] for i in range(len(fq)): if i%4==1: try: r_seq=to_reverse(fq[i]) list_reverse.append(r_seq) except Exception: print('somewhere error') return list_reverse
3.读取互补序列的list替换原基因序列,返回反向互补后的fastq格式的文本
def write_file(list_reverse,fp):#将互补序列写入新建的FASTA文本文件并替换原序列 for i in range(len(list_reverse)): fp[i*4+1]=list_reverse[i] with open(r'C:\Users\Administrator\Desktop\反向互补序列.txt', 'w') as f: for i in fp: f.write(i+'\n')
4.调用文件所在位置,并调用函数
with open(r'C:\Users\Administrator\Desktop\序列.txt','r') as sp: fq = str(sp.read()).replace('\n', ' ').split(' ') print(get_geneSeq(fq)) write_file(get_geneSeq(fq),fq)
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